وتنفذ المؤسسة في سبيل تحقيق أهدافها، الخطط والبرامج والمبادرات والمشاريع، التي تهدف إلى المحافظة على الشعب المرجانية والسلاحف في البحر الأحمر ونطاقها الحيوي وإعادة تأهيلها وتنميتها وضمان استدامتها، والموافقة والإشراف على تنفيذ البرامج والخطط والمبادرات والمشاريع والدراسات والأبحاث، التي تقوم بها الجهات الأخرى مع تشجيع مشاركة القطاع الخاص في تنفيذها، وتقديم الدعم اللازم لضمان تحقيق الالتزامات المحددة لها بالتنسيق مع الجهات ذات العلاقة، فضلاً عن وضع خطط تنفيذية للعمل ومتابعة تنفيذها، وذلك فيما يتعلق باختصاصاتها بالإستراتيجيات والخطط والبرامج والمشروعات والمبادرات الوطنية البيئية المعتمدة.
كما تشمل المهام إجراء الدراسات والبحوث والمسوحات الميدانية والاستطلاعات وجمع البيانات، وبناء قواعد المعلومات الخاصة بالشعب المرجانية والسلاحف البحرية، ومراقبة وتقييم الحالة البيئية للشعب المرجانية والسلاحف البحرية ومحيطها الحيوي وإصدار تقارير دورية بها، ورصد الحالات الطارئة ومعالجتها، كما تقترح المؤسسة، المعايير والضوابط والمقاييس والاشتراطات البيئية، وتعمل على إعادة تأهيل الشعب المرجانية المتدهورة واستعادة الموائل الطبيعية للسلاحف البحرية وإعادة أنواع السلاحف المهددة بالانقراض إلى موائلها الطبيعية وإكثارها وتنميتها، وتزويد الوزارة بالدراسات والبيانات والمؤشرات البيئية ضمن اختصاصات المؤسسة، إضافة إلى أنها تعمل على تحقيق مستهدفات الإستراتيجية الوطنية للبيئة ذات العلاقة بنشاطها وأهدافها.
كما تشمل المهام، التنسيق مع المركز الوطني لتنمية الحياة الفطرية للمواءمة في تحقيق أهداف الإستراتيجيات المعتمدة ذات العلاقة، مع تعزيز الوعي بأهمية المحافظة على الشعب المرجانية والسلاحف البحرية والتوازن البيئي من خلال إقامة المؤتمرات والندوات وورش العمل المتخصصة وغيرها من الوسائل، والموافقة على المشاريع والأنشطة ذات الأثر على الشعب المرجانية وأماكن تعشيش السلاحف البحرية وموائلها بالتنسيق مع المراكز الوطنية البيئية والجهات الأخرى ذات العلاقة، وإصدار قوائم خاصة بأنواع الشعب المرجانية ومواقعها والموائل الطبيعية للسلاحف البحرية ومواقع تعشيشها وضوابط واشتراطات الدخول إلى تلك المناطق، وتنظيم الاستثمار البيئي في مناطق الشعب المرجانية وأماكن تعشيش السلاحف البحرية وموائلها.
