ويقع الميناء على خط طول 13.50 شرقا ودائرة عرض 35.93 شمالا، وهو في الجهة الشرقية من الأحساء وعلى بُعد حوالي 65 كيلو مترا منها، وفي المنتصف فيما بين رأس خليج سلوي جنوبا ومدينة الظهران والخبر شمالا، ويقابل الميناء الطرف الجنوب الغربي لمملكة البحرين وفي الجنوب الشرقي منه تقع جزيرة الزخنونية.
معالم أثرية
والمياه في الساحل ضحلة ليست عميقة وغير صالحة لرسو السفن، ولذلك أقيم بها ميناء حجري يمتد داخل البحر بنحو 100 متر، تهدم أكثره ولم يبقَ منه سوى جزء صغير، وميناء العقير هو المنفذ البحري لأهالي الأحساء ونجد منذ القِدم والميناء موغل في أعماق التاريخ، وفيه من المعالم الأثرية، مبنى الجمارك والجوازات، والفرضة البحرية، ومبنى الخان والسوق والمسجد القديم والحصن، والميناء قديمًا كان منفذًا للتجارة مع مناطق الجزيرة العربية، وبلاد الرافدين وبلاد فارس، والهند، والشام، واليمن، والقارة الأفريقية، والصين.