وتنص مسودة الاتفاقية النهائية على حياد الدولة في الشؤون الدينية ودمج مقاتلي الجيش الشعبي لتحرير السودان في الجيش السوداني بنهاية الفترة الانتقالية، استجابة لاعتراض المكون العسكري على طلب الحركة الإبقاء على الجيش الشعبي بعد الفترة الانتقالية.
وبحسب نص إعلان المبادئ، اتفق البرهان والحلو على توطيد سيادة السودان واستقلاله وسلامة أراضيه.
ويؤكد نص إعلان المبادئ أنه «لا يجوز فرض أي دين على أي شخص، ولا يجوز للدولة أن تتبنى أي دين رسمي، وأن تكون حيادية في الأمور الدينية وشؤون العقيدة والضمير».
