ووفقا للتنظيم -الذي يتم العمل به اعتبارا من تاريخ نشره- فإن للهيئة القيام بـ21 مهمة دون الإخلال باختصاصات ومسؤوليات الجهات الأخرى، تتضمن دراسة تفاصيل الإنفاق والممارسات التشغيلية والرأسمالية المتعلقة به في الجهات الحكومية في التخطيط والتشغيل، وإبداء التوصيات حيالها، وتحديد فرص رفع كفاءة الإنفاق المترتبة عليها، وتحديد أثرها في ميزانية تلك الجهات، والرفع عما يلزم الرفع عنه وفقا للإجراءات النظامية.
كما تتضمن المهام، التنسيق مع الجهات الحكومية لتشكيل فرق عمل بداخلها لرفع كفاءة الإنفاق، والارتقاء بجودة المشاريع والبرامج التشغيلية والمبادرات الحكومية، وإعداد تقارير قياس ومتابعة التزام الجهات الحكومية بالتوصيات والمنهجيات والآليات والمعايير ذات الصلة، والرفع عنها، لاتخاذ ما يلزم بشأنها، ومراجعة المبادرات والبرامج المعتمدة للجهات الحكومية للتأكد من مواءمتها لأهداف كفاءة الإنفاق، واقتراح التغييرات اللازمة لضمان تحقيق كفاءة الإنفاق ورفع جودة المشروعات، بالتنسيق مع الجهات المعنية والرفع عنها، لاستكمال ما يلزم في شأنها.
وتدرس الهيئة، السياسات والخطط والاستراتيجيات للجهات الحكومية، ذات التأثير في الإنفاق وجودة المشاريع، واقتراح تعديل المعمول به منها، والرفع عنها لاستكمال الإجراءات النظامية اللازمة، ووضع المؤشرات ومعايير القياس ذات الصلة باختصاصات الهيئة، وتطويرها بشكل مستمر بالتنسيق مع الجهات المعنية.