وتتضمن حالات إيقاف الرخص الجمركية، في حالة فرض رسوم مالية على العملاء تخص الهيئة العامة للجمارك أو رسوم الخدمات اللوجيستية الأخرى وثبت عدم صحتها، إضافة في حال تسليم الأختام والمستندات الرسمية والحسابات والأرقام السرية للنظام الآلي للغير.
ووفقا للائحة، يتم سحب أو إلغاء بطاقات الدخول للساحات الجمركية، في حالة الإخلال بأي من الالتزامات لأحد العاملين في منشآت التخليص الجمركي، أو إلغاء أو إيقاف رخصة التخليص الخاصة بالمنشأة، وفي حالة عدم مزاولة مهنة التخليص لمدة ستة أشهر متصلة دون بيان الأسباب الموجبة بذلك، إضافة إلى صدور حكم نهائي بحق أحد منسوبي المنشأة من قبل اللجان المعتمدة في الهيئة أو في عقوبة مقيدة للحرية في جريمة مخلة بالشرف والأمانة، أو استخدام بطاقة الدخول لشخص آخر خلاف الصادر له.
أما حالات إلغاء الرخصة الجمركية نهائيا، فيكون في حال انقضاء الشركة وتصفيتها أو إلغاء المؤسسة لأي سبب من الأسباب، مثل انقضاء مدة الشركة/المؤسسة أو حلها أو تحول نشاطاتها في سجلاتها التجارية الرئيسية أو إيقاف نشاطها اللوجيستي إلى أنشطة أخرى غير متعلقة بالتخليص الجمركي أو إلغاء السجل التجاري، أو الإخلال بالأنظمة والتعليمات النافذة في مجال نشاط التخليص الجمركي بعد صدور حكم أو قرار نهائي بالإدانة من اللجان الجمركية أو المحاكم الشرعية، إضافة إلي عدم مزاولة المهنة لمدة 6 أشهر متتالية، وفي حال صدور حكم بإلغاء النشاط أو السجل التجاري من قبل وزارة التجارة، وفي حال ثبوت تأجير المنشأة للرخصة أو التستر على استخدامها، أو طلب المنشأة إلغاء رخصة التخليص الجمركي حسب رغبتها.
