وفي عام 2005، انتشر فيروس «إنفلونزا الطيور»، ولأن للمملكة تجربة في كيفية التعامل مع هذه الظروف، استعدت جيدًا ليمر الحج دون إصابات بالفيروس الذي تنقل بين دول العالم حينها.
وظهر في العام 2009 وباء جديد، وهو «إنفلونزا الخنازير»، وحينها فرضت المملكة إجراءات صحية وراقبت الحشود وأدارت الموسم بنجاح باهر، وانتهى الحج وعاد الحجاج آمنين إلى بلدانهم.
أما العام 2012، فشهد تفشي فيروس كورونا المسمى «ميرس»، وهو الاسم المختصر لمتلازمة الشرق الأوسط التنفسية، وبين التأهب والاستعداد، مر الحج بسلام دون حدوث إصابات بالفيروس في أوساط الحجيج.