ويقع المتحف في شارع العنبرية ويمتاز بقربه من المسجد النبوي، مشتملًا على مبان لمحطة سكة حديد الحجاز التي تم ترميمها وتأهيلها لتروي قصة عصور مضت حتى عصرنا الحالي، وتضم جنباته ورشة لإصلاح القاطرات بالمحطة، وصورًا لتاريخ سكة حديد الحجاز، وأحجارًا قديمة نُحِتت عليها رسومات وخطوط متعددة، علاوة على عرض لمخطوطات قديمة كتبت في عهد الملك عبدالعزيز بن عبدالرحمن آل سعود -رحمه الله-.
المعارض الزائرة
ويشتمل مبنى المحطة الرئيس على قاعة المعارض الزائرة والمؤقتة، وقاعة للمحاضرات والعرض المرئي إلى جانب سوق الحرفيين، ومتجر المتحف والمقهى الشعبي، ومطعم القطار الذي يشمل 12 عربة تم تأهيلها والاستفادة منها كمقر لمطاعم العائلات.
قاعات متعددة
ويحتوي المتحف على 14 قاعة عرض تشمل بهو المتحف، وقاعات بيئة المدينة المنورة وتاريخها الطبيعي، علاوة على قاعة المدينة المنورة قبل الإسلام، وفي العهد النبوي، وقاعة زوجات الرسول محمد -صلى الله عليه وسلم- وأبنائه، وقاعتي الأنصار والمهاجرين، وقاعة المسجد النبوي الشريف، وقاعات المدينة المنورة في عهد الخلفاء الراشدين.
كل العصور
كما يحتوي على قاعة المدينة المنورة خلال العصور الإسلامية، فضلًا عن قاعة المدينة المنورة في عهد الدولة السعودية الأولى والدولة السعودية الثانية، ومنطقة المدينة المنورة في عهد الملك عبدالعزيز بن عبدالرحمن آل سعود -رحمه الله- وقاعة التراث المديني.
