وجاءت برامج درجة الماجستير حسب الكليات شملت كلية التربية (المناهج وطرق التدريس ومسار الرياضيات واللغة العربية وتقنيات التعليم)، وكلية العلوم الطبّية التطبيقية (الأشعة التشخيصية والتغذية العلاجية)، وكلية الطب (علم الأمراض Pathology وظائف الأعضاء الطبية Medical Physiology) وكلية العلوم (علوم وتقنيات النانو) وكلية الآداب والفنون (نظم المعلومات الجغرافية GIS) وكلية إدارة الأعمال (إدارة المنظمات غير الربحية "NGOS" وإدارة الموارد البشرية) وكلية الشريعة والقانون (القانون التنفيذي) وكلية علوم وهندسة الحاسب الآلي (الأمن السيبراني).
الجدير بالذكر أن جامعة حائل ستعلن لاحقًا عن مواعيد التسجيل في برامج الماجستير بعد نهاية العام الجامعي.
