وللفرع آلية عمل بشرية وفنية، تبدأ من إستلام القمح في فرع المدينة المنورة، ثم يخضع للفحص والمعاينة وتحديد نوعيته وجودته، ثم إرساله إلى قسم الصوامع لتنظيفه وحفظه، ثم يتم إرساله إلى مطاحن الدقيق ويتم إستخلاص الدقيق من القمح بنسب مختلفه لإنتاج أنواع متعدده مثل دقيق البر، دقيق المخابز، الدقيق الفاخر، والنخالة.
كما أن للفرع قاعدة بيانات للمخابز بالمنطقة بالإضافة إلى الموزعين، ولها آلية توزيع مباشرة وغير مباشرة متقنه.
وتحرص حكومة خادم الحرمين الشريفين على توفير هذه السلعة للمواطن بسعر مدعوم ومناسب حرصا على سلامة الأمن الغذائي من خلال شراء أفضل أنواع القمح بالعالم ومن أفضل المناشئ ومواصفات عالمية عالية.
