اعتمد مشروع قطار الحرمين السريع سلسلة من الإجراءات الوقائية للحد من انتشار فيروس كورونا المستجد، من خلال تعقيم وتطهير مكونات المشروع من محطات، ومرافق عامة داخل المحطات، ومنصات المغادرة والوصول، والقطارات وتجهيزات عرباتها بالكامل.
ويأتي الإجراء الوقائي من إدارة المشروع لضمان أعلى مستويات السلامة في الجانب الصحي، وبما يحقق اشتراطات المملكة في الجانب الوقائي لوسائل النقل، للحد من فرص تفشي الفيروس. كما تتولى فرق العمل الوقائي يوميا تحقيق أدّق الاشتراطات الصحية عبر التعقيم والتطهير لكافة المحطات ومرافقها وتجهيزات عربات القطارات الداخلية على اختلافها، حرصا على سلامة المسافرين.