وفي الموسم الرياضي (2015 - 2016)م، ظهر الثقبة بشكل مختلف عما سبقه من مواسم، فكان منافسا شرسا، ونجح في التأهل لبطولة المملكة لأندية دوري الدرجة الثالثة، المؤهلة لدوري الدرجة الثانية، ليصل إلى الدور نصف النهائي، الذي كان كافيا من أجل إعلان تأهله لدوري الدرجة الثانية، حيث اكتفى بالحصول على المركز الرابع عقب خسارته أمام جدة، الذي يتواجد حاليا في مراكز متقدمة من دوري الأمير محمد بن سلمان لأندية دوري الدرجة الأولى لكرة القدم.
الموسم الأول للثقبة في دوري الدرجة الثانية كان مليئا بالمصاعب، لكن أبناء الخبر نجحوا في تجاوزه، واحتلوا مركزا متوسطا في المجموعة الثانية، التي أفرزت بطل الدوري نادي الكوكب.
وكان الموسم الثاني أكثر صعوبة على الثقبة، الذي كان قاب قوسين أو أدنى من الهبوط لدوري المناطق من جديد، لكنه خاض ملحقا بعد قرار الزيادة، أنقذه من مقصلة الهبوط الخطيرة.