وأدى العيسى مهام عديدة في مكافحة أيدلوجية التطرف، وتعزيز قيم الوسطية والاعتدال في إطار خطابٍ إسلامي مستنير، وذلك ضمن مبادرات التواصل الحضاري وتفعيل قيم التسامح والتعايش ببرامج عملية فاعلة وبخاصة في دول التعددية الدينية والإثنية. بحسب ما أوردته «واس».
ودأب د. العيسى منذ توليه أمانة الرابطة على نشر القيم الإسلامية الحقيقية، بشكلها المعتدل الصحيح، ليحقق الكثير من النجاحات على مستوى العالمين الإسلامي والدولي خلال رحلاته المتواصلة حول العالم.
ويُعرف عن الأمين العام لرابطة العالم الإسلامي مواجهته لأفكار الصراع الحضاري، وتمسكه بقيم العدالة والحوار والتفاهم، ومواجهته لأطروحات التمييز والاستفزاز التي تطل من حين لآخر في بعض الدول، مع تشديده على أهمية احترام الأقليات المسلمة لأنظمة بلدانهم والمطالبة بخصوصياتهم الدينية وفق الدستور والقانون وعدم ممارسة أي شكل من أشكال العنف أو محفزات الكراهية.
