يُذكر أن مختبر أمانة منطقة المدينة المنورة يعد من المرافق التي تؤدي دورًا مهمًا ورئيسًا في الرقابة على مصادر الأغذية والمياه بالمدينة المنورة، وذلك بالتنسيق مع جميع البلديات الفرعية التابعة للأمانة والكادر الرقابي بالأمانة، حيث تؤخذ عينات منتظمة ودورية من جميع المحلات التجارية والمطاعم والمصانع والفنادق بواسطة المراقبين الصحيين المدربين لأخذ عينات المياه لتحليلها ميكروبيًا وكيميائيًا وذلك للتأكد من صلاحيتها ومدى مطابقتها للشروط والمواصفات القياسية السعودية والخليجية .
وتتبع سياسة تلك الإدارة نظامًا في تحقيق الجودة وذلك من خلال التعاقد مع استشاريين متخصصين وتوريد الأجهزة الطبية بالتعاقد مع شركة متخصصة في نظام تشغيل و صيانة المختبرات وابتعاث جميع المختصين بالمختبر لتلقي دورات تدريبية متخصصة وتنفيذ المعايرات والصيانات الدورية لجميع الأجهزة وإجراء اختبارات الكفاءة العينات (pt).