ويقع شرق النيل عند خط طول 31 13 59 شرقا، وعند خط عرض 30 0 37 شمالا وكانت مساحته وقت إنشائه 50 ذراعا في 30 ذراعا وله ستة أبواب، وظل كذلك حتى عام 53هـ/ 672م وتوالت التوسعات فزاد من مساحته مسلمة بن مخلد الأنصاري والي مصر من قبل معاوية بن أبي سفيان وأقام فيه أربع مآذن، وتوالت الإصلاحات والتوسعات بعد ذلك علي يد من حكموا مصر حتى وصلت مساحته بعد عمليات التوسيع المستمرة نحو 24 ألف ذراع معماري.
إبان الحملة الصليبية على بلاد المسلمين وتحديدا عام 564 هـ، خاف الوزير شاور من احتلال الصليبيين لمدينة الفسطاط فعمد إلى إشعال النيران فيها إذ كان عاجزا عن الدفاع عنها واحترقت الفسطاط وكان مما احترق وتخرب وتهدم جامع عمرو بن العاص، وعندما ضم صلاح الدين الأيوبي مصر إلى دولته، أمر بإعادة إعمار المسجد من جديد عام 568 هـ، وأعيد بناء صدر الجامع والمحراب الكبير الذي كسي بالرخام ونقش عليه نقوش منها اسمه.
