وتقوم مبردات المحطتين بتبريد المياه ما بين 4 إلى 5 درجات مئوية، وتضخّها عبر الأنابيب للمسجد الحرام، ثم إلى وحدات مناولة الهواء بالغرف الميكانيكية؛ ليتم فيها عملية التبادل الحراري، ثم يدفع الهواء النقي المبرد لكافة أرجاء المسجد الحرام.
وقد قامت الوكالة بتجديد وتطوير وحدات مناولة الهواء، واستبدال جميع المبادلات الحرارية بمبادلات جديدة، بالإضافة إلى تغيير جميع الفلاتر الخاصة بتنقية الهواء بشكل دوري.
ويُنقى الهواء عبر وحدات مناولة الهواء، بعد سحب الهواء الطبيعي من سطح المسجد الحرام، ويتم ذلك على عدة مراحل، عن طريق فلاتر تعمل بكفاءة وتقنية ترشيح عالية، تمنع مرور جزيئات الغبار والجسيمات الصغيرة إلى بيئة التكييف، ثم يتم تعقيمه بالأشعة فوق البنفسجية التي تعمل على قتل البكتيريا والجراثيم، ليصل الهواء إلى المصليات بالمسجد الحرام خاليًا من الجراثيم والفيروسات.