ويشمل الجزء الثاني 400 مجلد من مجلدات المخطوطات، ويتضمن 646 عنوانا، وجميع العناوين باللغة العربية، باستثناء 19 مخطوطة باللغة التركية القديمة، وواحدة باللغة البوسنوية القديمة، وواحدة باللغة الفارسية، ويقع الجزء في 656 صفحة.
وتتصدر الجزء مخطوطة بعنوان «حاشية على تهافت الفلاسفة» برقم «301» تأليف أحمد بن سليمان بن كمال باشا، ثم مخطوطة في البلاغة بعنوان «شرح الرسالة الوضعية» تأليف إبراهيم بن محمد بن عرب شاه، ثم مخطوطة «أنوار التنزيل وأسرار التأويل» تأليف عبدالله بن عمر البيضاوي.
ويتضمن هذا الجزء عددا من المخطوطات لأشهر مؤلفي التراث العربي والإسلامي، مثل السيوطي، والقزويني، وابن قيم الجوزية، والعسقلاني، والتبريزي، وعرض لمخطوطات نادرة للسيوطي، كما عرض لمخطوطة لابن القيم.
وكان الجزء الأول من فهرس المخطوطات قد صدر قبل ثلاثة أشهر، وتضمن التعريف بـ 300 مخطوطة، ووضعت حقول الفهرسة في كل مخطوط ضمن إطار منهجي مرتب يتضمن رقم الحفظ، والفن، وهو تصنيف المخطوطة لأي علم تنتمي، والعنوان، والمؤلف، من دون ألقاب ولا كنى، ويكون ثلاثيا أو رباعيا على الأكثر مع تاريخ الوفاة بالهجري فقط، والناسخ، وتاريخ النسخ، ومكان النسخ، والخط، ثم التجليد، وعدد الأوراق، ومقاس الصفحة، وعدد الأسطر، وبداية المخطوطة، ونهاية المخطوطة، والمراجع، والبيانات الأخرى.
الجدير بالذكر أن المخطوطات التي تقتنيها مكتبة الملك عبدالعزيز العامة، تبلغ خمسة آلاف مجلد، ويحتوي الجزء الواحد على فهرسة 300 - 400 مجلد مخطوط أصلي، ومن هنا فقد عنيت إدارة المجموعات الخاصة بالمكتبة بضبط فهرسة المخطوطات بشكل نهائي، من أجل إتاحة فهارسها متتابعة ليستفيد منها طلاب العلم والمعرفة في أنحاء العالم، ويأتي ذلك ضمن اهتمام المكتبة بحفظ التراثين العربي والإسلامي.
